Keterancaman laguna- laguna di indonesia berdampak pada aktivitas nelayan yang dikarenakan adanya pendangkalan laguna tersebut, selain itu pengurangan jumlah habitat hutan bakau di daerah tersebut juga sangat saling mempengaruhi satu dengan yang lainnya. Laguna segara anakan nusakambangan terdapat didaerah antara Kabupaten Cilacap jawa tangah dan Kabupaten Ciamis jawa barat yang terpisah oleh Sungai citanduy. Segara anakan adalah kawasan laguna seluas 40 ribu hektar di pantai selatan pulau jawa